Kanal tedavisi sırasında, çok ender olmakla birlikte;
Kök kanallarında alet kırılması
Kanal dolgusunun kök dışına taşması
Kanal yıkama solüsyonlarının kök dışına taşması
Dişin kırılması
Kök kanalında perforasyon oluşması (dişin delinmesi)
gibi komplikasyonlarla karşılaşılabilmektedir.